Sam Fisher is terug voor de missie van zijn leven! Om een aanslag op Amerikaanse bodem te verijdelen, moet hij in een terroristische organisatie infiltreren om deze van binnen uit te vernietigen.
Sam Fisher, de hoofdpersoon uit de Splinter Cell-reeks, heeft eens een keertje flink pech. Fisher’s dochter krijgt een zwaar auto-ongeluk en moet dat met het leven bekopen. Sam ziet het niet meer zitten en besluit te stoppen met werken. Lambert, de man die je in de vorige Splinter Cell-spellen informatie verschafte, komt echter met een opvallend voorstel. Sam kan zich bij de N.O.C.’s voegen, een geheime overheidsorganisatie die in het allerdiepste geheim opereert.
Sam blijkt een flinke adrenalinejunk te zijn, en met thuis achter de geraniums zitten kom je ook niet ver. Sam gaat weer aan het werk. Wanneer de organisatie vermoedt dat crimineel ’Jamie’, die in Manhattan gevangen zit, banden heeft met een terroristenorganisatie wordt Sam op onderzoek uitgestuurd. Hij wordt gevangen gezet en zal moeten proberen contact te krijgen met Jamie. Uiteindelijk zal hij zelfs zo goed bevriend met hem moeten raken dat hij informatie ontsluiert. Dit is het punt waarop het spel begint. In de gevangenis moet je het zonder de gebruikelijke Splinter Cell-apparatuur doen en kun je alleen je eigen lichaam gebruiken. Niet lang na je eerste rustige kennismaking met het harde gevangenisleven besluiten Jamie en zijn kameraden te ontsnappen, waarna er behoorlijk tumult ontstaat en jij eveneens moet proberen te ontsnappen om op de hoogte te blijven van Jamie´s praktijken.
Je bent echter nog steeds een overheidsagent, en dus moet je toch een beetje oppassen wat je doet. Schiet je bijvoorbeeld een onschuldige gevangene neer in opdracht van Jamie, waardoor je zijn vertrouwen wint, of spaar je zijn het leven, waardoor Jamie wel argwaan zal krijgen. Inderdaad. Je komt voor een aantal moeilijke keuzes te staan in Splinter Cell: Double Agent. Eénmaal in het hoofdkwartier van de terroristen, waar je vrij kunt rondlopen, zul je regelmatig ‘klusjes’ voor ze moeten opknappen, maar tegelijkertijd rekening houden met je échte werk; informatie proberen te ontsluieren en doorgeven aan de NSA (de organisatie waartoe de N.O.C.’s behoren).
