Jaks wereld staat zo'n beetje op zijn kop. Hij heeft namelijk ontdekt dat het gloeiende portaal aan het eind van Jak and Daxter in feite een gateway door de tijd was. Jak stapte erin en kwam tweehonderd jaar verder in de tijd terecht en daar wordt hij gevangen gehouden door de boosaardige Baron Praxis. Spoel snel drie jaar vooruit, een periode waarin Daxter blijkbaar genoeg te doen had terwijl zijn maatje gevangen zat, en Jak weet te ontsnappen. Hij is razend en wil zich wreken. Een heel andere Jak dan de vriendelijke en (vreselijk) rustige Jak die we kennen. Jak is echt heel erg kwaad en hij is gewapend.
De meeste gameontwikkelaars zouden zich wel twee keer bedenken voordat ze de vrij verkenbare gameplay van Grand Theft Auto III zouden combineren met traditionele platformactie. Maar Naughty Dog dus niet. Jason Rubin en zijn team hebben het open-wereldontwerp van GTA toegepast op Jak II. Op deze manier hebben ze een heel nieuw genre gecreëerd: een vrij verkenbaar actieavontuur... platform... shooter. Afgezien van beperkende genredefinities is deze game totaal anders dan Jak and Daxter: The Precursor Legacy, terwijl het tegelijkertijd toch ook allemaal weer vertrouwd aanvoelt.
Zodra je Jak hebt geholpen uit de gevangenis te ontsnappen, raakt hij betrokken bij een complot om de Baron af te zetten. Als het aan Jak ligt, zet je hem trouwens niet alleen af, maar leg je hem ook om. Jak ontdekt ook een onverwachte bijwerking van de wrede experimenten van de Baron: hij kan zich nu transformeren in 'Dark Jak', zodat hij over meer krachten, meer aanvallen en een toepasselijk demonisch bleek kleurtje beschikt. Desondanks sluit Jak zich aan bij een twijfelachtige verzetsbeweging en voert hij missies voor ze uit. Daar komen zijn traditionele platformtechnieken als springen, rammen en draaien dus goed van pas. Het duurt niet lang voordat je uitgerust wordt met echte wapens, zoals een futuristisch jachtgeweer en een geweer, en een stad gaat verkennen die maar liefst 24 keer zo groot is als het grootste level in Jak and Daxter. Hier kun je naar hartelust meeliften en van de ene plaats naar de andere zoeven. En dat moet ook als je resultaten wilt behalen.
Zonder de traditionele verzamelobjecten uit platformgames en met de wapens die je kunt upgraden, de voertuigen die je moet jatten en missies die je alle uithoeken van een gigantische stad laten zien, lijkt Jak and Daxter een volgens ons heel leuke nieuwe weg in te slaan.
